1986年，全國食用菌總產(chǎn)量50萬噸，產(chǎn)值25億元。原國家經(jīng)貿委食品工業(yè)辦公室、中國食品工業(yè)協(xié)會批復同意成立“食用菌專業(yè)協(xié)會”籌備組，同意由商業(yè)部牽頭，聯(lián)合各有關部門和科研單位及學術團體、大專院校組建。
1987年11月30日—12月1日，中國食品工業(yè)協(xié)會食用菌專業(yè)委員會在北京成立。選舉肖連亞為會長、孟凱為副會長、蔣潤浩為秘書長。潘遙副部長、杜子端副部長和裘維蕃教授出席會議并講話。
1989年11月6日—10日，江蘇省對外科技交流中心與國際蘑菇學會（ISMS）在南京召開國際食用菌生物技術討論會，12個國家和地區(qū)494名代表出席，樊慶笙擔任組委會主席，樊慶笙、楊新美、臧穆、楊慶堯、黃年來、朱寶蘭、王澤生等作學術報告。
1991年2月，輕工業(yè)部授予香港中文大學教授張樹庭“1990年國際合作獎”，張教授建議輕工業(yè)部建立食用菌研究開發(fā)中心，加強技術推廣工作。
1991年，食用菌專業(yè)委員會向全國發(fā)函，提議《制定全國食用菌“八五”計劃綱要》。
1991年，中國藥學會、食用菌專業(yè)委員會、北京醫(yī)科大學聯(lián)合召開“全國靈芝專題研討會。會議建議在食用菌專業(yè)委員會下設藥用真菌專業(yè)組織。
1992年，經(jīng)社團登記，“中國食用菌協(xié)會”獲準為國家一級協(xié)會。
1994年，經(jīng)北京新聞出版局批準，《中國食用菌信息》改為《全國食用菌信息》并出刊。1994年全國總產(chǎn)量300萬噸，產(chǎn)值90億元。
1994年，中國食用菌協(xié)會第二屆第一次常務理事會議在北京召開，選舉原商業(yè)部副部長潘遙為會長，孟凱、肖連亞和蔣潤浩為執(zhí)行會長。
1995年10月23日-26日，中國食用菌協(xié)會主辦“1995中國（福州）食用菌新技術、新產(chǎn)品交流展示會”。討論了《“九五”規(guī)劃綱要》等。
1996年，《人民日報》以“點草成金”為題，報道福建農業(yè)大學林占熺利用野草原料栽培食用菌成功，首次利用29種野草栽培34種食用菌。
1997年10月，中國食用菌協(xié)會與《中國技術市場》報聯(lián)辦《中國食用菌市場》?？?。
1999年，中國食用菌協(xié)會等單位承辦的《香菇》行業(yè)標準經(jīng)國家質量技術監(jiān)督局審定，全國供銷合作社發(fā)布。同年，經(jīng)民政部批準，中國食用菌協(xié)會準予登記，登記號為3427。
2000年4月12日，經(jīng)中華全國供銷合作總社批準，顧二熊副主任兼任中國食用菌協(xié)會會長。同年，10月16日—18日，中國食用菌協(xié)會第三次會員代表大會暨新技術新產(chǎn)品交流會于煙臺召開。
2001年4月24日，顧二熊會長代表中國食用菌協(xié)會發(fā)表聲明，強烈要求日本政府立即取消對進口中國鮮香菇的限制，恢復正常貿易秩序。
2002年8月21日，姜春云副委員長在中國食用菌協(xié)會的報告上批示：“報告提出的幾個問題對加快食用菌產(chǎn)業(yè)發(fā)展至關重要，其中一些主要依靠協(xié)會和生產(chǎn)者解決，有些則需要有關部門支持解決，希望多作協(xié)調工作，共同努力，確保食用菌生產(chǎn)、加工、銷售上新的水平，取得更好的成效。”2002年全國總產(chǎn)量876萬噸，產(chǎn)值409萬元。
2003年3月20日，中國食用菌協(xié)會發(fā)布《關于實施食用菌標準化生產(chǎn)的意見（試行）》。12月25日，在北京召開“全國食用菌標準化會議”。
2004年2月9日—12日，中國食用菌協(xié)會與歐盟合作的食用菌項目研討會在北京召開，合作名稱為“小蘑菇大商業(yè)”，合作內容主要為加強國際培訓，通過人才培訓和技術進步推進我國食用菌產(chǎn)業(yè)發(fā)展。
2004年1月20日，國務院批準外交部《關于中國食用菌協(xié)會申請加入國際蘑菇學會的請示》。3月14日—18日，“第16屆國際食用菌大會”在美國邁阿密召開，中國正式加入國際蘑菇學會（ISMS）。
2004年7月1日——7日，中國食用菌協(xié)會在北京舉辦第一期《菌類園藝工》職業(yè)資格培訓班。2004年全國總產(chǎn)量為1160萬噸，產(chǎn)值481億元。
2004年9月7日，回良玉副總理對中國食用菌協(xié)會呈報的《針對日本實施“種苗修正案”急需我國香菇DNA標準指紋圖譜的請示》作出批示，要求采取有效措施積極應對。農業(yè)部、財政部、商務部和科技部等進行了會商并提出針對性措施。
2005年11月17日-19日，中國食用菌協(xié)會第四次會員代表大會在江蘇南通召開，中華全國供銷合作總社監(jiān)事會副主任李樹萍當選為會長，陸解人為常務副會長（法定代表人）、管士萍為秘書長。
2006年3月，中國食用菌協(xié)會批復，同意與上海大山合集團共建“中國菇菌博物館”。
2006年3月31日，中國食用菌協(xié)會啟動“小蘑菇新農村行動計劃”。至2008年底，全國有278個村（鎮(zhèn)、縣）成為參與建設，200個行動村成為示范村。
2006年9月27日，商務部主辦、中國食用菌協(xié)會承辦“發(fā)展中國家食用菌培訓班”在北京舉辦，14個國家和地區(qū)的19名學中參加。
2006年月11月22日，民政部批準中國食用菌協(xié)會成立香菇、黑木耳和白靈菇分會。
2007年12月8日—9日，“國際食（藥）用菌生物科學高峰論壇暨中國（古田）食用菌節(jié)—紀念中國食用菌協(xié)會成立二十周年”在福建古田舉行。會議由中國食用菌協(xié)會、福建省農業(yè)廳和寧德市人民政府共同主辦。
2008年6月10日，中國食用菌協(xié)會決定投入70萬元，援建四川什邡市菌種場，幫助開展“5，12”汶川大地震的災后重建工作。
2009年2月23日，全國銀耳標準化工作組在福建省古田縣成立。
2009年10月18日，“海峽兩岸食用菌技術與產(chǎn)業(yè)發(fā)展研討會”在廬山開幕。會議由中國食用菌協(xié)會、九江市人民政府主辦，中華全國供銷合作總社臺灣事務辦公室支持，仙客來公司承辦。
2009年12月2日，中國食用菌協(xié)會副會長李玉同志當選中國工程院院士。2009年全國總產(chǎn)量超過2020萬噸，產(chǎn)值超過1103億元。
2010年10月27日，中國食菌協(xié)會第五次會員代表大會在北京召開，中華全國供銷合作總社監(jiān)事會副主任張祥茂同志當選為會長。
2011年9月8日，首屆中華菌文化節(jié)在河北省平泉縣舉辦。
2012年4月10日，民政部批準中國食用菌協(xié)會成立文化專業(yè)委員會、市場流通專業(yè)委員會。
2012年8月27日—30日，國際蘑菇學會第十八次大會在北京召開，會議由中國食用菌協(xié)會、中國農業(yè)科學院和中國食口出畜產(chǎn)進出口商會共同承辦。
2012年10月20日，中國食用菌協(xié)會標準化技術委員會在昆明成立并召開相關會議。
2012年10月29日，2012年度保梁何利基金頒獎大會在北京舉辦，中國食用菌協(xié)會副會長吳清平獲得產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新獎。
2013年3月25日，中國食用菌協(xié)會工廠化專業(yè)委員會在北京召開成立大會。2013年，全國總產(chǎn)量3169.68萬噸，產(chǎn)值2017.9億元。
2014年3月16日，中國食用菌協(xié)會舉辦“2014中國食用菌行業(yè)大會暨中國（四川·金堂）食用菌新技術新產(chǎn)品菌需物資博覽會”，明確了定期舉辦年度行業(yè)大會和春季博覽會。
2014年9月20至21日，中國食用菌協(xié)會在陜西楊凌舉辦“中國國際食用菌烹飪大賽暨中國（楊凌）食用菌行業(yè)秋季博覽會”，明確了定期舉辦秋季博覽會。
2015年10月30日-31日，中國食用菌協(xié)會在北京舉辦“中國食用菌產(chǎn)業(yè)‘十二五’（2010-2015）百項優(yōu)秀成果展示交易會”，顧秀蓮、王俠等領導出席大會。同期召開中國食用菌協(xié)會第六次會員代表大會，全國政協(xié)委員、中華全國供銷合作總社原副主任顧國新同志當選為會長。
2015年11月11日-13日，國際蘑菇學會、中國食用菌協(xié)會和福建農林大學共同發(fā)起成立“國際金針菇專家工作組”，并在福建農林大學舉辦成立大會暨學術研討會。
2015年12月7日，中國食用菌協(xié)會副會長吳清平同志當選為中國工程院院士。
2016年3月，顧國新會長出席全國政協(xié)第十二屆四次會議，代表行業(yè)提交了《關于對食用菌鮮品運輸實行“綠色通道”政策》和《關于充分發(fā)揮食用菌產(chǎn)業(yè)在精準扶貧工作中作用》的兩項提案，積極解決行業(yè)實際問題并爭取政策支持。
2016年3月18日，中國食用菌協(xié)會在江蘇省連云港市舉辦“2016中國食用菌行業(yè)大會暨春季博覽會”。第十屆全國人大常委會副委員長顧秀蓮、聯(lián)合國糧農組織駐中國首席代表伯希米西卡，以及多國駐華使節(jié)、國際蘑菇學會代表等出席。同期舉辦 “‘一帶一路’沿線國家食用菌圓桌會議” 。
2016年5月22日，“國際蘑菇學會采后專家工作組成立暨食用菌加工、保鮮專題研討會”在山東濟南舉辦，由中華全國供銷合作總社濟南果品研究院承辦，國際蘑菇學會主席格雷格·西莫先生出席會議。
2016年5月29日-6月2日，國際蘑菇學會在荷蘭阿姆斯特丹主辦“第19屆國際食用菌大會”，其間，還舉辦了第34屆荷蘭蘑菇節(jié)。62個國家和地區(qū)的食用菌及相關領域的科研人員、企業(yè)家及服務提供商參加。中國的100余名代表參加了會議和展覽展示活動。
2016年7月6日，“貴州省黔西南州食用菌產(chǎn)業(yè)上市企業(yè)（重點骨干企業(yè)）座談會暨項目簽約儀式”在貴州貴陽市舉行。貴州省孫志剛省長、顧國新會長、劉遠坤副省長以及80余家龍頭企業(yè)負責人參加會議。
2016年9月3日-4日，“全國藥用菌產(chǎn)業(yè)發(fā)展大會”在安徽省金寨縣成功舉辦，舉行了“中國藥用菌大市場”的開啟儀式，發(fā)布了《全國藥用菌產(chǎn)業(yè)宣言》。
2017年中央一號文件將食用菌產(chǎn)業(yè)列入“優(yōu)勢特色產(chǎn)業(yè)”之一，提出了“提檔升級”和“提質增效”的要求。
2017年6月7日，中國食用菌協(xié)會在青島西海岸新區(qū)舉辦“2017首屆全國食用特色小鎮(zhèn)產(chǎn)業(yè)發(fā)展大會”。
2017年3月15日，國家發(fā)改委連維良副主任主持召開 “部分行業(yè)協(xié)會商信用體系建設工作座談會”，我會作為第一批試點的16個行業(yè)協(xié)會之一，參加了會議并匯報。同年，4月27日，國家發(fā)展改革委財政金融司向我會發(fā)出《關于推進行業(yè)信用體系建設有關工作建議的函》，明確了有關工作要求。
2017年12月20日，中華全國供銷合作總社批準發(fā)布《食用菌培養(yǎng)基用蒸汽滅菌器》、《食用菌環(huán)境機組》兩項行業(yè)標準。同期，中國食用菌協(xié)會制定《團體標準管理辦法（試行）》并啟動相關工作，中國食用菌協(xié)會第一個團體標準《食用菌工廠優(yōu)質設備供應商評價準則》經(jīng)中華全國供銷合作總社批準立項。
