三、基質內菌絲分離法
基內菌絲分離法在靈芝中很少應用，因為靈芝子實體生長時間較長，且一年春夏秋均會發(fā)生，取材比其他食用菌簡單，且子實體存放時間較長。只有在進行靈芝資源調查，或選用野生種進行馴化時，當靈芝子實體已釋放完孢子和老熟無法進行孢子分離和組織分離的情況下才采用。
靈芝木基內菌絲分離方法是，選用長有靈芝子實體；無裂褶菌和其他多孔菌等生長的枯木或樹根，常水沖洗去泥沙、雜質。摘去靈芝子實體，并從長子實體兩邊鋸斷，若芝木(根)較粗用刀縱劈成數(shù)塊。在無菌條件下，用75%酒精擦拭消毒，將帶柄基部分置酒精燈火焰上灼燒，用手術刀削去表皮，每削一次均需灼燒1次，以防交叉感染。然后將長有白色菌絲的切削面切刮下微小的木片或顆粒，用接種鏟移接至PDA斜面中央，28℃下遮光培養(yǎng)，見白色靈芝菌絲生長并長滿管即為母體。
分離時接種塊應盡可能小些。所分離的菌種呀經(jīng)過出菇實驗確認是優(yōu)良菌株才可在生產(chǎn)上使用。
其它品種也可借鑒本方法。
常用計量單位符號 1、時間：d（天）、h（小時）、min（分）、s（秒）?！?、長度：km（千米）、m（米）、cm（厘米）、mm（毫米）?！?、面積：m2（平方米）、667m2（畝）、hm2（公頃）?！?、體積：m3（立方米）、L（升）、ml（毫升）、μl（微升）?！?、質量：t（噸）、kg（公斤 千克）、g（克）、mg（毫克）、μg（微克）。 6、濃度：mg/L、mg/kg（ppm,1×10-6）。
