蘑菇生理性病害主要有五種：硬開傘、畸形菇、薄皮菇、地雷菇和紅根銹斑，其防治方法如下：
　　1.硬開傘：蘑菇遇異常氣候，幼嫩子實體提早開傘的現(xiàn)象叫硬開傘，一般在18攝氏度以上，溫差10攝氏度左右，或突然降溫情況下發(fā)生。防治方法：在氣溫突變前做好保溫工作，并增加菇房內(nèi)的空氣相對濕度。
　　2.畸形菇：形成的原因是覆土粗細(xì)不一，出菇部位低，菇房二氧化碳量超過0.3%；藥害、病害、蟲害造成。防治方法：注意覆土質(zhì)量和通風(fēng)，避免有害氣體進入菇房；注意防治病蟲害。
　　3.薄皮菇：整個出菇階段都可發(fā)生，主要原因由菇房內(nèi)溫度過高過低，或床面通風(fēng)過度引起。防治方法：高溫時要加強通風(fēng)，排除菇房內(nèi)濕空氣；低溫或起大風(fēng)時，菇房要保溫保濕。
　　4.地雷菇：子實體著生在 料內(nèi)或覆土下部，菇形不園整。這種菇質(zhì)量差，出菇稀。產(chǎn)生原因：一是培養(yǎng)料過濕；二是料內(nèi)混有泥土；三是菇房通風(fēng)過多、溫度偏低、覆土過遲等。以致造成結(jié)菇過早，結(jié)菇部位過低。防治方法：培養(yǎng)料不能過濕或混進泥塊；菇房適當(dāng)通風(fēng)；粗土調(diào)水后，減少通風(fēng)，保持85%左右的空氣相對濕度，促使菌絲向粗土面生長；小菌蕾尚未形成時覆細(xì)土，創(chuàng)造菌絲繼續(xù)向細(xì)土層生長的條件，防止過早結(jié)菇。
　　5.紅根銹斑：發(fā)生于出菇后期，這時氣溫低，蒸發(fā)水分少，菌絲活力差，吸水能力較弱，出菇慢。如果噴水過多，或氣候突然變化，料內(nèi)酸度高，就會發(fā)生此病。防治方法：噴水要適當(dāng)，料內(nèi)酸度較高時，要及時用石灰水調(diào)節(jié)PH值。