只要品種優(yōu)良、母種生長良好、培養(yǎng)基適宜、滅菌徹底、接種操作規(guī)范、培養(yǎng)條件適合，那么就能夠生產出優(yōu)良的原種或栽培種。然而在生產實踐中，卻常出現(xiàn)這樣或那樣的問題，影響菌種質量及生產計劃。
　　接種后萌發(fā)不正常
    主要表現(xiàn)為兩種情況：一是不萌發(fā)或萌發(fā)緩慢；二是萌發(fā)出的菌絲纖細無力，擴展緩慢。分析的思路應為，培養(yǎng)溫度→培養(yǎng)基含水量→培養(yǎng)基原料質量→滅菌規(guī)程及效果→母種。對于接種物不萌發(fā)，或萌發(fā)緩慢，或擴展緩慢來說，這幾個方面的因素必有其一，甚至可能是多因子共同影響。
    1.培養(yǎng)溫度過高：造成接種物不萌發(fā)、萌發(fā)遲緩、生長遲緩。
    2.含水量過低或過高：盡管拌料時加水量充足，但由于拌料不均勻，造成培養(yǎng)基含水量的差異，含水量過低的菌種瓶(袋)接種物常干枯而死。培養(yǎng)基含水量過高則造成萌發(fā)后的菌絲蔓延艱難。
    3.培養(yǎng)基原料霉變：正處霉變期的原料中有大量有害物質，有些物質耐熱性強，高溫下不易分解變性，甚至在高壓、高溫滅菌后仍保留其毒性，接種后，菌種不萌發(fā)。
    4.滅菌不徹底：導致培養(yǎng)基中殘留和繼續(xù)繁殖增加的是細菌，而不是真菌。多數(shù)情況下無肉眼可見的菌落。有時在含水量過大的瓶(袋)壁上，或在培養(yǎng)基的顆粒間，可見到灰白色的菌膜。這一原因可通過分離培養(yǎng)得到證實。
    5.種菌齡過長：應使用菌齡適當?shù)哪阜N，多種食用菌母種使用最佳菌齡是在長滿斜面后1—5天。在計劃周密的情況下，母種和原種生產的緊密銜接是完全可行的。若母種長滿斜面后1星期內不使用，要及早置于4－6℃下保存。
　　發(fā)菌不好
    發(fā)菌不好的表現(xiàn)多種多樣，常見的有生長緩慢，生長過快但菌絲纖細稀疏，生長不均勻，菌絲不飽滿，色澤灰暗等。造成發(fā)菌不良的原因主要有：
    1.培養(yǎng)基酸堿度不適：可將發(fā)菌不良的菌種瓶(袋)的培養(yǎng)基挖出，用pH試紙測試。
    2.原料中混有毒害物質：如松、杉、柏、樟等樹種的木屑；原料霉變，產生霉菌毒素。
    3.滅菌不徹底：培養(yǎng)基中生長有肉眼看不見的細菌等。
    4.裝料過緊：水分過少，透氣性差。
    5.培養(yǎng)室溫度或濕度過高：空氣流通交換不夠。
    6.培養(yǎng)基含水量過大，裝得過緊：這種情況下，往往長至瓶(袋)中下部后，菌絲生長變緩，甚至不再繼續(xù)生長。