食用菌多數(shù)是好氧性的。同其它生物一樣，食用菌的呼吸作用是吸收氧氣，排出二氧化碳。食用菌分解糖類等有機(jī)物質(zhì)是靠氧化作用進(jìn)行的，過高濃度的二氧化碳直接影響食用菌的呼吸活動(dòng)，而有礙生長(zhǎng)發(fā)育。

一般在菌絲體生長(zhǎng)階段消耗的氧氣不多，不過通氣與否對(duì)菌絲體的生長(zhǎng)速度也有明顯影響。在子實(shí)體形成時(shí)期則需要消耗較多的氧氣，此時(shí)通氣好，氧氣充足，能促進(jìn)子實(shí)體分化和長(zhǎng)大。否則，通氣差，二氧化碳積累多，子實(shí)體就難形成，生長(zhǎng)也慢。

當(dāng)子實(shí)體形成后，呼吸作用旺盛，對(duì)氧氣的需要量急劇增加，此時(shí)若通氣不良，小食用菌會(huì)變黃死亡；開傘階段，氧氣不足，便不會(huì)散放孢子，孢子在氧氣不足的情況下也不會(huì)萌發(fā)。靈芝子實(shí)體在二氧化碳為0. 1%環(huán)境中，一般不形成菌蓋，菌柄分化成鹿角狀分枝。

二氧化碳濃度增加到10%時(shí)，沒有任何組織分化，甚至影響皮殼發(fā)育。二氧化碳濃度達(dá)到0. 1%時(shí)，猴頭菌形成珊瑚狀分枝；蘑菇、香菇出現(xiàn)柄長(zhǎng)、開傘早的畸形菇。

為了保證菌絲體生長(zhǎng)對(duì)氧氣的需要，培養(yǎng)母種時(shí)常將培養(yǎng)基制成斜面，培養(yǎng)原種和栽培種時(shí)培養(yǎng)料只裝到瓶肩處，而且裝料要松緊適度，并于中部從上到下戳一個(gè)洞。

為了保證子實(shí)體生長(zhǎng)對(duì)氧氣的需要，當(dāng)子實(shí)體原基一形成，就立即加強(qiáng)培養(yǎng)室的通風(fēng)換氣，隨著子實(shí)體的長(zhǎng)大，通風(fēng)換氣也相應(yīng)增加。