食用菌工廠化栽培是最具現(xiàn)代農(nóng)業(yè)特征的產(chǎn)業(yè)化生產(chǎn)方式，采用工業(yè)化的技術(shù)手段，在環(huán)境可控的設(shè)施條件下，采取高效率的機械化、自動化作業(yè)，實現(xiàn)規(guī)?；?、集約化、標準化、周年化生產(chǎn)，保證了較高的凈利潤率。食用菌工廠化企業(yè)應(yīng)立足優(yōu)化栽培措施及采用物理防治方法為主，藥劑防治則以菇房消毒及培養(yǎng)料播種前處理為主，積極篩選高效低毒低殘留的殺菌劑。
      一、滅菌 滅菌是防止菌棒（包）寄生性病害發(fā)生的最主要環(huán)節(jié)，滅菌徹底就能杜絕病原生物直接侵染培養(yǎng)基。滅菌鍋的型號、容積、放置數(shù)量的不同，滅菌效果也有差異。設(shè)置適宜滅菌程序，以徹底殺滅培養(yǎng)料中所有的微生物。高壓滅菌鍋滅菌完成排氣結(jié)束后，外部空氣必須回流到鍋內(nèi)；保持內(nèi)外壓力平衡，在回流口上必須安裝高效空氣過濾裝置，防治雜菌進人鍋體。如若雜菌進人鍋體極易引起菌包（袋）口處污染。 
      二、冷卻 菌棒（包）滅菌后要經(jīng)過冷卻，待菌棒冷卻到溫度25度以下時才能接菌。冷卻方式有自然冷卻與強制冷卻（制冷機打冷），自然冷卻耗時，工作效率低下，一般都采用強制冷卻。冷卻過程處置不當，霉菌孢子極易侵入菌包，造成菌包（袋）口處污染，特別是夏天高溫、高濕霉菌極易繁殖生長。許多人認為菌棒（包）口污染都是接菌箱滅菌不徹底造成的，其實不然，由于冷卻處置不恰當，造成霉菌孢子隨著冷氣流入菌棒（包）口，在接菌箱滅菌前已經(jīng)污染菌棒，孢子適時萌發(fā)，接菌后6-7天就能發(fā)現(xiàn)菌包口污染，誤以為是接菌箱滅菌不徹底造成的。 為了預(yù)防菌棒口污染，可在菌棒強冷前用“煙熏寶”每立方米0.5至1克對菌棒（包）熏蒸一個小時，殺死空氣中的霉菌孢子，同時在菌棒的棉花塞或瓶蓋上覆蓋一層藥劑保護膜，抑制霉菌孢子侵入。此藥是預(yù)防菌包接菌口污染最有效的辦法。經(jīng)多個工廠兩年多試用菌棒接菌口污染可控制在1%之內(nèi)。注意一定要在強冷開機前一個小時使用，否則效果大大降低。 
      三、接菌 接菌是菌包成活率高低的最關(guān)鍵環(huán)節(jié)，目前工廠化菌包接菌的方法采用的是空氣凈化接菌和接菌箱（室）煙霧消毒接菌?？諝鈨艋泳蛲顿Y大，一般大型工廠化生產(chǎn)采用這種方式，中小型企業(yè)大都仍采用接菌箱（室）接菌。其實接菌箱（室）接菌是最安全、最有保障的操作。目前接菌箱（室）消毒大都選用二氯異氰尿酸鈉煙霧劑。因二氯異氰尿酸鈉是一種高效、廣譜、新型內(nèi)吸性殺菌劑，可殺滅種細菌、真菌和病毒，使用安全、簡便、用量少等特點，很受生產(chǎn)者喜愛。 但好的二氯異氰尿酸鈉煙劑殺菌機理應(yīng)包括三方面，一是次氯酸的氧化作用，次氯酸為很小的中性分子，它能通過擴散到帶負電荷的菌體表面，并通過細胞壁穿透到菌體內(nèi)部起氧化作用，破壞細菌的磷酸脫氫酶，使糖代謝失衡而至細菌死亡；二是新生態(tài)氧的作用，由次氯酸分解形成新生態(tài)氧，將菌體蛋白質(zhì)氧化；三是氯化作用，氯通過與細胞膜蛋白質(zhì)結(jié)合，形成氨氯化合物，從而干擾細胞的代謝，最后引起細菌的死亡。
      由于長期使用，霉菌已經(jīng)對次氯酸產(chǎn)生抗性，加上市面上所售的二氯異氰尿酸鈉煙劑配方不合理，高溫燃燒后的二氯異氰尿酸鈉分解很多，煙劑的轉(zhuǎn)化率達不到50％，造成投藥量越來越多，嚴重傷害操作者身體健康，給安全帶來隱患?！耙话`”以安全、高效為出發(fā)點，打破二氯異氰尿酸鈉消毒極限，每個接菌箱只需一包（4克），在保證速效性基礎(chǔ)上，增加了鏟除孢子藥效，同時在棉花塞、瓶蓋上會形成一層保護膜，殺死附著在棉花塞、瓶蓋上的病菌，藥效可達十天以上，而且對人體非常安全，菌棒成活率達98%以上。 四、庫房消毒 工廠化菇體采收后，庫房的菇架、地面、墻壁的空隙等地都能隱藏大量的病原菌和雜菌孢子，當新菌包進房，溫濕度適宜時，這些孢子就會萌發(fā)，形成新的侵染源和污染源，對菇包與子實體造成為害，因此要進行消毒。庫房消毒是保證養(yǎng)菌室與出菇房空氣凈化的主要措施。目前工廠化生產(chǎn)庫房消毒主要是用漂白粉或甲酚皂清洗、噴灑地板、菇架，再用福爾馬林與高錳酸鉀、二氯異氰尿酸鈉煙霧劑、二氧化氯消毒片熏蒸等。 這些產(chǎn)品雖具有一定的效果，但存在著難以解決的弊端： 一是殺菌機理單一，對霉菌孢子基本無效，易產(chǎn)生抗藥性，藥量使用越來越大；二是成本高，每立方米用藥量達十幾至二十多克，而且對設(shè)備有腐蝕性嚴重，一般兩年過后，設(shè)備也就報廢，得不償失；三是藥效時間短，煙霧散盡，殺菌機能也就結(jié)束，要多次重復消毒，才能保證效果。 選用“煙熏寶”消毒，可以大大提高消毒效果，具有安全、高效、綠色環(huán)保優(yōu)勢。其主要特點是：一是多重殺菌機理，不產(chǎn)生抗性，對細菌、真菌、病毒均有效，尤其是對細菌類的假單胞桿菌、霉菌屬的鏈孢霉、綠霉、青霉、曲霉、毛霉、根霉等有特效，防治徹底。二是速效性與長效性并重，在迅速殺滅病菌的同時，又能在棉花塞、瓶蓋上會附著一層保護膜，長時間發(fā)揮藥效，抑制霉菌孢子的萌發(fā)。三是高效、綠色環(huán)保，成本低，安全。
      選用高效綠色無公害藥劑，運用高端的技術(shù)與助劑研制而成，對金屬設(shè)備無腐蝕，確保設(shè)備安全。每立方米只需0.5至1克，就可達到殺菌效果，成本僅為其他產(chǎn)品的十分之一。在庫房氣溫、濕度發(fā)生變化時，使用“煙熏寶”熏蒸能有效防止有害雜菌侵蝕菌包，切實提高生物轉(zhuǎn)化率。 五、螨蟲 食用菌工廠化生產(chǎn)過程中控制雜菌污染比蟲害更為重要。但是蟲害在早期未能發(fā)現(xiàn)和有效控制，也能導致毀滅性損失。在進排風口安裝網(wǎng)罩阻止昆蟲或小動物的進入，光對昆蟲有引誘作用，晚間室內(nèi)的光盡量避免泄漏到室外，廠區(qū)內(nèi)的培養(yǎng)料和菇體要清掃干凈，采收結(jié)束后，對空房間消毒處理。工廠化生產(chǎn)危害最嚴重的是螨害，在米糠、麩皮等營養(yǎng)物上繁殖很快，廠區(qū)周圍草叢、木屑堆場也大量存在。培養(yǎng)周期長的菇類上螨蟲發(fā)生尤為嚴重，菌種帶螨是引起螨蟲大爆發(fā)的主要原因，可導致大量污染，轉(zhuǎn)色困難，出菇整齊度差，產(chǎn)量低下。 發(fā)現(xiàn)螨蟲應(yīng)及早隔離并用殺螨劑處理，控制人員流動，保持個人衛(wèi)生和服裝清潔，阻止螨蟲傳播。目前通常采取的防治措施是噴灑菊酯類、敵敵畏、有機磷類農(nóng)藥等，易造成農(nóng)藥殘留，人員中毒，效果也多不好，主要原因是藥物選擇不對，而且噴灑有死角，不徹底，特別是菌包里面的螨蟲無效。